国务院行政机构，根据职能分为国务院办公厅、国务院组成部门、国务院直属机构、国务院办事机构、国务院组成部门管理的国家行政机构和国务院议事协调机构。宪法、国务院组织法和1997年国务院发布的《国务院行政机构设置和编制管理条例》，是目前关于国务院行政机构设置和编制管理的主要依据。除了行政机构外，国务院还设有事业单位和特设机构。
（一）国务院办公厅
国务院办公厅，是协助国务院领导处理国务院日常工作的机构。依据国务院组织法的规定，国务院设立办公厅，由国务院秘书长领导。
（二）国务院组成部门
国务院组成部门，是国务院领导下主管特定国家行政事务的行政机构，依法分别履行国务院的基本行政管理职能。它包括各部、各委员会、中国人民银行和国家审计署。国务院组成部门的设立、撤销或者合并，由国务院机构编制管理机关提出方案，经国务院常务会议讨论通过后，由国务院总理提请全国人民代表大会决定。在全国人民代表大会闭会期间，提请全国人民代表大会常务委员会决定。．
国务院组成部门实行部长、主任和审计长、行长负责制。国务院组成部门工作中的方针、政策、计划和重大行政措施，应向国务院请示报告，由国务院决定。根据法律和国务院的决定，国务院组成部门可以在本部门的权限内发布命令、指示和规章。
（三）国务院直属机构和国务院办事机构
国务院直属机构，是国务院主管某项专门业务的行政机构，具有独立的行政管理职能。该类机构的设立、撤销和合并，根据工作需要和精简的原则，由国务院决定。
国务院办事机构，是协助国务院总理办理专门事项的行政机构，不具有独立的行政管理职能。它的设立、撤销和合并由国务院机构编制管理部门提出方案，报国务院决定。
（四）国务院组成部门管理的国家行政机构
国务院组成部门管理的国家行政机构，是由国务院组成部门管理，主管特定业务，行使行政管理职能的行政机构。它的设立、撤销和合并，由国务院机构编制管理部门提出方案，报国务院决定。
国务院组成部门管理的国家行政机构不是该主管部门的内设机构。国务院组成部门主要通过对它所管理的国家行政机构工作中的重大方针政策、工作部署等事项实施管理，并对国务院负责。
（五）国务院议事协调机构
国务院议事协调机构，是承担国务院行政机构重要业务工作组织协调任务的行政机构。它的设立、撤销和合并由国务院机构编制管理部门提出方案，报国务院决定。国务院议事协调机构议定的事项，经过国务院同意，由有关的行政机构按照各自的职责负责办理。在特殊或者紧急的情况下，经过国务院同意，国务院议事协调机构可以规定临时性的行政管理措施。
（六）国务院行政机构的职能调整和内设机构
上述国务院行政机构设立后，需要对职能进行调整的，由国务院机构编制管理部门提出方案，报国务院决定。
国务院办公厅、国务院组成部门、国务院直属机构、国务院办事机构在职能分解的基础上设立司、处两级内设机构；国务院组成部门管理的国家行政机构根据工作需要可以设立司、处两级内设机构，也可以只设立处级内设机构。 国务院行政机构的司级内设机构的增设、撤销或者合并，经国务院机构编制管理机关审核方案，报国务院批准。增设国务院行政机构的司级内设机构的方案，应当包括下列事项：(1)增设机构的必要性；(2)增设机构的名称和职能；(3)与业务相近的司级内设机构职能的划分。国务院行政管理机构的处级内设机构的设立、撤销或者合并，由国务院行政机构根据国家有关规定决定，按年度报国务院机构编制管理机关备案。
（七）国务院行政机构的编制管理
国务院行政机构的编制，是对国务院行政机构人员的数量定额和领导职数的管理制度。国务院行政机构的编制确定原则，实行依据职能配置和职位分类实行精简的原则。
国务院行政机构编制的确定，在国务院行政机构设立时进行。编制方案的内容是：(1)机构人员定额和人员结构比例；(2)机构领导职数和司级内设机构领导职数。
国务院行政机构编制的增加和减少，由国务院机构编制管理机关审核方案，报国务院批准。
国务院行政机构编制的监督检查，由国务院机构编制管理机关，对国务院行政机构的机构设置和编制执行情况行使监督检查权。国务院行政机构有义务每年向国务院机构编制管理机关提供其机构设置和编制管理情况的报告。
