公务员履行公职期问的管理制度主要有考核、奖励、惩戒、职务任免和职务升降、培训、交流与回避等。职务任免上面已经提到，这里不再讨论。
1．考核。它是对公务员履行职务情况进行考察核查并且作出评价的活动。主要事项有考核的作用、考核的内容、考核的程序等。考核的作用，是为公务员调整职务、级别和工资以及公务员奖励、培训、辞退提供依据。考核的内容，有德、能、勤、绩四个方面，其中重点是考核工作业绩。考核分为平时考核与定期考核，定期考核以平时考核为基础。考核的程序，对非领导成员的公务员的定期考核采取年度考核的方式，先由个人按照职位职责和有关要求进行总结，主管领导人员在听取群众意见后提出考核等次建议，由本机关负责人或者授权的委员会确定考核等次。对领导成员的定期考核，由主管机关按照有关规定办理。定期考核的结果分为优秀、称职、基本称职和不称职四个等次。定期考核的结果应当以书面形式通知公务员本人。
2．奖励。它是对工作表现突出，有显着成绩和贡献，或者有其他突出事迹的公务员或者公务员集体的褒奖和鼓励。主要事项有奖励原则、奖励种类、奖励程序和撤销奖励。奖励的原则，是精神鼓励与物质鼓励相结合，以精神奖励为主的原则。奖励的种类有：嘉奖、记三等功、记二等功、记一等功、授予荣誉称号；给予公务员或者公务员集体奖励，按照规定的权限和程序决定或者审批。公务员或者公务员集体有以下情形之一的应当撤销奖励：弄虚作假，骗取奖励的；申报奖励时隐瞒严重错误或者严重违反规定程序的；法律法规规定应当撤销奖励的其他情形。
3．惩戒。它是指对违反法律和纪律应当承担纪律责任的公务员所给予的处分。除了刑事处罚以外，处分是保障公务纪律、维护国家公共管理秩序和限制剥夺公务员权利的最重要手段。公务员法的颁布实施，替代了自1957年以来长期适用的经过全国人大常委会批准国务院公布的《国务院关于国家行政机关工作人员的奖惩暂行规定》，极大地推进了公务员处分法治化程序化进程。
(1)处分的种类和程序。处分的种类：警告、记过、记大过、降级、撤职、开除。处分程序，是由处分决定机关决定对公务员违纪的情况进行调查，并将调查认定的事实及拟给予处分的依据告知公务员本人。公务员有权进行陈述和申辩。处分决定机关认为对公务员应当给予处分的，应当在规定的期限内，按照管理权限和规定的程序作出处分决定。处分决定应当以书面形式通知公务员本人。
(2)处分的合法要件和处分的适用。处分决定的合法要件，是事实清楚、证据确凿、定性准确、处理适当、程序合法、手续完备。对违纪行为情节轻微，经过批评教育后改正的，可以免予行政处分。公务员受开除以外的处分，在受处分期间有悔改表现，并且没有再发生违纪行为的，处分期满后由处分决定机关解除处分并以书面形式通知本人。
(3)禁止性纪律和反对上级错误权。公务员法第53条规定了禁止公务员从事的15项行为，对公务员个人的违法意愿表达行为和其他不符合公职要求的行为进行了严格禁止，违反者将受到纪律处分。
反对上级错误权包括公务员对错误决定命令的建议权和执行明显违法决定命令的法律责任。公务员在执行公务时，认为上级的决定或者命令有错误的，可以向上级提出改正或者撤销该决定或者命令的意见；上级不改变该决定或者命令，或者要求立即执行的，公务员应当执行该决定或者命令，执行后果由上级负责，公务员不承担责任；但是，公务员执行明显违法的决定或者命令的，应当依法承担相应的责任。
(4)行政机关公务员处分。2007年由国务院颁布的《行政机关公务员处分条例》，对行政机关公务员的处分作出更为具体、详细的规定。
第一，对行政机关公务员处分的设定。一是只有法律、法规、规章以及国务院决定有权设定行政机关公务员处分事项，行政机关不得以其他形式设定行政机关公务员处分事项。二是行政机关公务员违反法律、法规、规章以及行政机关的决定和命令，应当承担纪律责任的，依照《行政机关公务员处分条例》给予处分。三是法律、其他行政法规、国务院决定对行政机关公务员处分有规定的，依照该法律、行政法规、国务院决定的规定执行；法律、其他行政法规、国务院决定对行政机关公务员应当受到处分的违法违纪行为作了规定，但是未对处分幅度作规定的，适用《行政机关公务员处分条例》第三章与其最相类似的条款有关处分幅度的规定。四是地方性法规、部门规章、地方政府规章可以补充规定《行政机关公务员处分条例》第三章未作规定的应当给予处分的违法违纪行为以及相应的处分幅度。除国务院监察机关、国务院人事部门外，国务院其他部门制定处分规章，应当与国务院监察机关、国务院人事部门联合制定。
第二，行政机关公务员处分的适用。除公务员法的要求外，《行政机关公务员处分条例》还对合并处分、从重处分、从轻处分、减轻处分和免予处分等适用问题作出了规定。行政机关公务员同时有两种以上需要给予处分的行为的，应当分别确定其处分。应当给予的处分种类不同的，执行其中最重的处分；应当给予撤职以下多个相同种类处分的，执行该处分，并在一个处分期以上、多个处分期之和以下，决定处分期。行政机关公务员在受处分期间受到新的处分的，其处分期为原处分期尚未执行的期限与新处分期限之和。处分期最长不得超过48个月。遇有行政机关公务员在2人以上的共同违法违纪行为中起主要作用，隐匿、伪造、销毁证据，串供或者阻止他人揭发检举、提供证据材料，包庇同案人员和法律、法规、规章规定的其他从重情节这些情形之一的，应当对行政机关公务员从重处分。相反，遇有行政机关公务员主动交代违法违纪行为，主动采取措施并有效避免或者挽回损失，检举他人重大违法违纪行为且情况属实这些情形之一的，应当对行政机关公务员从轻处分。同时，遇有行政机关公务员主动交代违法违纪行为，并主动采取措施有效避免或者挽回损失的，应当减轻处分；行政机关公务员违纪行为情节轻微，经过批评教育后改正的，可以免予处分。
第三，行政机关公务员违法违纪行为及其适用的处分。《行政机关公务员处分条例》第三章规定了行政机关公务员具体违法违纪行为的法律特征和形态，并规定了从事这些行为受到的处分种类和幅度。
第四，行政机关公务员处分的权限。对行政机关公务员给予处分，由任免机关或者监察机关承担，处分的权限根据管理权限确定。具体为：一是对经全国人大及其常委会决定任命的国务院组成人员给予处分，由国务院决定。其中，拟给予撤职、开除处分的，由国务院向全国人大提出罢免建议，或者向全国人大常委会提出免职建议。罢免或者免职前，国务院可以决定暂停其履行职务。二是对经地方各级人大及其常委会选举或者决定任命的地方各级人民政府领导人员给予处分，由上一级人民政府决定。拟给予经县级以上地方人大及其常委会选举或者决定任命的县级以上地方人民政府领导人员撤职、开除处分的，应当先由本级人民政府向同级人大提出罢免建议。其中，拟给予县级以上地方人民政府副职领导人员撤职、开除处分的，也可以向同级人大常委会提出撤销职务的建议。拟给予乡镇人民政府领导人员撤职、开除处分的，应当先由本级人民政府向同级人大提出罢免建议。罢免或者撤销职务前，上级人民政府可以决定暂停其履行职务；遇有特殊紧急情况，省级以上人民政府认为必要时，也可以对其作出撤职或者开除的处分，同时报告同级人大常委会，并通报下级人大常委会。三是对地方各级人民政府工作部门正职领导人员给予处分，由本级人民政府决定。其中，拟给予撤职、开除处分的，由本级人民政府向同级人大常委会提出免职建议。免去职务前，本级人民政府或者上级人民政府可以决定暂停其履行职务。
此外，《行政机关公务员处分条例》还对处分的程序，尤其是任免机关办理处分的程序，以及对处分不服提出申诉等事项作出了规定。
4．职务升降。它指公务员职务的晋升和降低。职务晋升是对公务员职务的向上调整。公务员职务晋升的标准，是具备拟任职务所要求的思想政治素质、工作能力、文化程度和任职经历等方面的条件和资格。公务员晋升职务的程序，应当按照公务员法第44条的规定进行，并且应当实行任职前公示制度和任职适用期制度。降职是公务员职务的向下调整。降职的条件，是在定期考核中被确定为不称职的，按照规定程序降低一个职务层次任职。
5．培训。培训是使公务员适应工作职责和素质需要的培养训练制度，公务员培训情况和学习成绩是公务员考核的内容和任职、晋升的依据之一，参加培训是公务员的基本权利之一。国家采取分级分类的公务员培训措施，包括公务员初任培训、任职培训、专业培训和在职培训等。
6．职务交流和回避。
(1)职务交流。国家实行公务员交流制度，交流方式包括调任、转任和挂职锻炼。调任是国有企业事业单位、人民团体和群众团体中从事公务的人员调入机关担任领导职务或者副调研员以上及其他相当职务层次的非领导职务。转任是公务员在不同职位、不同地区、不同部门之间的职务变动。挂职锻炼是以培养锻炼为目的选派公务员到下级或者上级机关、其他地区机关以及国有企业事业单位担任职务。公务员应当服从机关的交流决定。
(2)回避。回避是为保证公正履行公务，限制公务员任职和执行公务条件的制度。回避分为任职回避和执行公务回避，公务员法第68-70条分别规定了应当实行回避的情形。公务员有应当回避情形的，本人应当申请回避，利害关系人有权申请公务员回避。其他人员可以向机关提供公务员需要回避的情况。机关根据公务员本人或者利害关系人的申请，经审查后作出是否回避的决定，也可以不经申请直接作出回避决定。
