由于破产抵销权具有优先权的性质，能够使债权人得到优于清算分配的清偿结果，如果不加限制，则可能被滥用，从而损害破产清算的秩序和多数债权人的正当权益。有鉴于此，破产法第40条具体规定了不适用破产抵销的以下三种情形：
(1)债务人的债务人在破产申请受理后取得的他人对债务人的债权，不得用于抵销。由于债权可自由转让，以十分低廉的价格购买对债务人的债权是很容易做到的。因此，存在着这样一种可能性：对债务人财产负有债务的人低价收购债权，随后通过破产抵销来不正当地免除其对债务人的债务。有鉴于此，为了杜绝债务人的债务人通过廉价收购对债务人的债权而由破产抵销免除债务的情况发生，凡承认破产抵销的国家都规定，债务人的债务人在破产申请受理后受让取得的他人对债务人的债权，不得用于抵销。
(2)债权人已知债务人有不能清偿到期债务或者破产申请的事实，而对债务人负担债务的，不得抵销。但是，债权人因为法律规定或者在破产申请1年前所发生的原因而负担债务的除外。
债权人在得知其债务人出现破产原因甚至已经提出破产申请的情况后，通常的反应就是设法抢先获得个别清偿。但是，在多数国家，这时的个别清偿是受禁止的。在这种情况下，如果法律对破产抵销没有限制，则债权人可以通过对债务人负债的方式取得债务人的财产。例如，按照市价赊购债务人的财产，从而形成对破产财产的债务，然后通过破产抵销，免除这笔债务。这实际上是以实物形式使自己的破产债权抢先得到满足，从而逃避破产程序。为了杜绝这种情况的发生，法律必须将这种债务排除于破产抵销的范围之外。因此，凡是已知债务人有不能清偿到期债务或者破产申请的事实，而对破产人负担债务的，必须如数清偿，不得以其债权加以抵销。但是，如果能够证明债权人对债务人负担债务是基于法律的规定或者破产申请1年前发生的原因，则可以认为该债权人负担此债务时没有通过破产抵销获得抢先满足的恶意，因而不在法律禁止之列。
(3)债务人的债务人已知债务人有不能清偿到期债务或者破产申请的事实，而对债务人取得的债权，不得抵销。但是，债务人的债务人因为法律规定或者有破产申请1年前所发生的原因而取得债权的除外。
债务人的债务人以取得（通常为受让取得）对债务人的债权来使自己免除对破产财产的给付义务，其行为性质与上述情形相同，故不得用于抵销。但是，取得债权有法律规定的正当原因的不在此限，其理由也与上相同。
至于债务人的债务人已知债务人有不能清偿到期债务或者破产申请的事实，直接与债务人交易而取得的债权，如果该交易有恶意串通、显失公平等无效或可撤销事由，则除了不得适用破产抵销外，该债权还可适用无效或可撤销的规定，丧失破产债权的地位。
