举证责任的分配是法律按照一定的标准，规定应当由哪一方当事人对诉讼中的相关事实提供证据加以证明，否则就应承担败诉后果的问题。举证责任的分配，是证据制度中十分重要的问题，关系到对当事人权益的保护和诉讼公平正义的实现。行政诉讼因其性质的特殊性，在举证责任的分配方面也体现出独特性。行政诉讼法第32条规定：被告对作出的具体行政行为负有举证责任，应当提供作出该具体行政行为的证据和所依据的规范性文件。《行政证据规定》第6条进一步规定：原告可以提供证明被诉具体行政行为违法的证据。原告提供的证据不成立的，不免除被告对被诉具体行政行为合法性的举证责任。因此，在我国，行政诉讼法确立了被告行政机关在行政诉讼中承担主要举证责任的基本原则，这使行政诉讼举证责任的分配明显区别于民事诉讼举证责任的分配。根据我国民事诉讼法的规定，民事诉讼举证责任的分配采用“谁主张，谁举证”的规则。行政诉讼确立被告对被诉具体行政行为合法性负担举证责任的原则主要基于以下原因：
第一，由被告负担举证责任，是被告行政机关在行政程序中必须遵循“先取证、后裁决”规则的自然延伸。“先取证、后裁决”是行政机关在行使行政职权，作出具体行政行为过程中，必须遵循的基本规则。这一规则是行政机关行使职权必须“以事实为根据”的具体化，它要求行政机关在作出具体行政行为前，应当认真调查，充分收集证据，在证据充分、事实清楚的基础上，正确适用法律，作出正确的行政行为。正因为有此要求，一旦行政机关作出的行政行为被诉，由作出该行为的被告负担证明其具有合法性的责任，理所当然。
第二，由被告负担举证责任，有利于发挥行政机关的举证优势。行政诉讼审理的核心问题是被诉具体行政行为的合法性，该具体行政行为由被告作出，被告对该具体行政行为的证据最为了解；而且在作出具体行政行为过程中，被告行政机关居于主导地位，行政机关行使职权无须征得公民、法人或者其他组织同意，因此被告行政机关的举证能力比原告要强，由被告负担举证责任体现了负担公平原则，有利于保护公民、法人或者其他组织的诉权。
第三，由被告负担举证责任，有利于促进行政机关依法行政。要求被告行政机关对被诉具体行政行为合法性承担举证责任，事实上要求行政机关负担这样一种责任，即在进入行政诉讼程序之前，作出具体行政行为时，就应当具有事实根据和法律根据，否则其所作出的具体行政行为就是违法的，将会被法院撤销。这一要求有利于行政机关认真行使自己的权力，严格执法，做到依法行政。
虽然行政诉讼中被告对具体行政行为承担举证责任，但不排除在特定情况下由原告提供证据的可能。根据《行政证据规定》，行政诉讼中原告提供证据仅限于下列情形：
1.公民、法人或者其他组织向人民法院起诉时，应当提供其符合起诉条件的相应的证据材料。公民、法人或者其他组织向法院提起诉讼，必须具备一定的条件，只有符合法定条件的起诉，人民法院才会立案受理。因此，为保证人民法院正确受理案件，起诉人应当向法院提供证明他的起诉符合法定起诉条件的相应证据。不过，就起诉期限问题，如果被告认为原告起诉超过法定期限的，则应由被告承担举证责任。
2.在起诉被告不作为的案件中，原告应当提供其在行政程序中曾经提出申请的证据材料。被告不作为案件大多是依申请行政行为引起的行政争议，此种行政行为的作出须以公民、法人或者其他组织提出申请为前提，没有申请人申请，行政机关不得从事该行为。因此，对依申请的行政行为，既然原告起诉被告不作为，他就应当提供证据证明自己在行政程序中曾经向行政机关提出过申请，否则其要求被告履行法定职责就失去了基础。不过，只要原告证明其提出过申请，被告就应当证明其不作为符合法律规定。值得注意的是，起诉被告不作为的案件中，由原告提供证据的情形仅限于依申请行政行为，如果行政机关法定职责的履行不以原告申请为前提，而是被告行政机关必须依职权主动履行的，如警察看到正在遭受不法侵害的公民，不依职权进行保护，即属此情形。同时，为避免实践中由于行政机关申请登记制度不健全，致使申请人在确实已提出申请，却因行政机关的原因而无法证明曾提出申请的现象，法律规定原告因被告受理申请的登记制度不完备等正当事由不能提供相关证据材料并能够作出合理说明的，可以免除原告对提出申请事实提供证据的要求。
3.在行政赔偿诉讼中，原告应当对被诉具体行政行为造成损害的事实提供证据。在行政赔偿诉讼中，原告因被诉具体行政行为遭受损害，是原告主张被告给予自己行政赔偿的基本前提，原告的这一主张与被诉具体行政行为的合法性没有必然关联，由原告提供证据更为恰当。
最高人民法院颁布的《行诉法解释》，除规定原告在上述三种情况下需要承担举证责任外，还规定对“其他应当由原告承担举证责任的事项”原告也要承担举证责任。鉴于这一规定过于含糊，且不符合行政诉讼法关于举证责任分配的基本精神，2002年由最高人民法院制定的《行政证据规定》排除了这一情形，将原告提供证据的要求严格限定在上述三种情形之内。
