1．最高决策机构——部长会议。世界贸易组织所有成员的代表组成部长会议。部长会议是最高级会议。部长会议履行世界贸易组织的职能，并为此采取必需的措施。部长会议有权对所有多边贸易协议中的任何事项作出决定。
2．常设权力机构——总理事会。在部长会议休会期间，部长会议的职能由总理事会行使。总理事会由各成员代表组成，根据情形召开会议。总理事会同时履行争端解决机构和贸易政策审议机构的职责。但是，争端解决机构和贸易政策审议机构有自己的主席，负责机构的运作。
3．（部门贸易）理事会。根据世界贸易组织协定附件的不同调整范围，设立了货物贸易理事会、服务贸易理事会以及与贸易有关的知识产权理事会。理事会依总理事会的总体指导运作，分别履行货物贸易多边协议、服务贸易总协定和与贸易有关的知识产权协定以及总理事会指定的职能。各理事会的成员资格对全体成员开放，但并非所有成员代表都参加理事会。各理事会设有下属机构。
4．（综合）委员会。环境与贸易委员会、收支平衡委员会、贸易与发展委员会、最不发达国家小组委员会、国际收支限制委员会、预算、财务和行政委员会，是在总理事会之下设的六个委员会，负责处理诸如贸易与发展、环境、区域贸易协定以及行政事务。各委员会行使有关协议赋予的职责及总理事会赋予的其他职责，并向总理事会报告工作。
5．下属机构。几乎每一个理事会／委员会都有下属机构，例如，货物贸易理事会有多个专门委员会处理各专门问题（如农产品、市场准人、补贴、反倾销措施）。
6．世界贸易组织秘书处和总干事。世界贸易组织的工作机构，是总干事领导的秘书处。世界贸易组织秘书处设在日内瓦。总干事由部长级会议任命。总干事任命秘书处职员，并依照部长会议通过的条例，确定他们的职责和服务条件。秘书处的职责主要包括：为世界贸易组织的代表机构（如理事会、委员会、工作组等）进行谈判和执行协议，提供行政和技术支持；为发展中国家，特别是最不发达国家，提供技术援助；在贸易争端解决过程中，由法律雇员提供有关规则和先例解释方面的法律帮助；处理新成员的加入谈判，为准备加入的国家提供咨询。总干事和秘书处的职员纯属国际性质，在履行职责方面，不应寻求和接受任何政府或当局的指示；各成员不应对他们履行职责施加影响。
